El proceso de apropiación territorial por parte de la Corona Española se dará en diversas etapas; en lo que corresponde a Honduras, podemos identificar dos etapas: la primera que va de 1502 a 1524 y la segunda de 1524 a 1550.
La primera configuración la encontramos en 1524 como Gobernación de la Mar Dulce. Gil González Dávila estableció en la bahía de Omoa, el puerto de Caballos y hacia el río Motagua, San Gil de Buenavista. Pretendía que le autorizaran su dominio desde estos parajes hasta los lagos de Nicaragua, que en anterior entrada había descubierto..
La segunda configuración la encontramos en 1526, bajo la figura de Nueva España. Hernán Cortés, conquistador de México envió hacia los parajes de Honduras a Olid, que se separó de su obediencia, y en su seguimiento a Francisco de Las Casas. Cortés se hace en Honduras con el propósito de poner orden y extender la Gobernación de La Nueva España, desde México hasta Trujillo.
Una tercera configuración es la propuesta por el Consejo de Indias en 1526, bajo la representación institucional de Gobernación de Honduras e Higueras. Se nombra a Diego López de Salcedo por Cédula Real, para gobernar la jurisdicción de Honduras e Higueras que comprendía: por el Atlántico, siguiendo la costa oriental hasta el cabo de Gracias a Dios, el cierre por el sur se colocó en la bahía de Fonseca, de modo que esta primera delimitación oficial de un territorio cuyo interior los españoles aun desconocían guarda, con toda la imprecisión que cabe, estrecha similitud con los límites actuales. Por sede de la gobernación se puso el puerto de Trujillo.
Diego López de Salcedo, dispone extender sus dominios a parte del territorio de Nicaragua, dándose con esta decisión personal una nueva configuración en 1527 que se llamara Nuevo Reino de León. Las ambiciones de Salcedo fracasan, pues fue puesto preso por el gobernador de Nicaragua, Pedrarias Dávila, por haberse presentado en León e interferir en una jurisdicción ajena.
La configuración de Honduras sigue siendo incierta y confusa ante las rivalidades entre Francisco de Montejo y Pedro de Alvarado, en esta conflicto sigue vigente el proyecto de la comunicación entre la Mar del Norte con la Mar del Sur, ya en función en Panamá con la apertura del Camino de las Cruces. Así en 1538, surge lo que esporádicamente se llamará Gobernación de Yucatán-Honduras, bajo el mando del Adelantado Francisco de Montejo.
En 1539, Pedro de Alvarado fue nombrado gobernador de Guatemala y Honduras y a su muerte, en 1541, la designación recae en el Licenciado Alonso de Maldonado, constituyéndose de esta forma una sexta configuración.
Ante este desorden desatado por los colonizadores españoles la Corona española decide establecer un reordenamiento territorial y administrativo, bajo lo que se va a llamar las Leyes Nuevas de Barcelona en 1542, se diseña la Audiencia de los Confines para suprimir los litigios entre los conquistadores en el istmo y asentar, con mayor firmeza sobre ellos, la autoridad real, quedando la Gobernación de Honduras adscrita a la Audiencia de los Confines.
De este modo y con estas disposiciones de las Leyes Nuevas de 1542, para los venideros tiempos, Honduras ha surgido como una entidad político administrativa del Imperio Español.
