La Audiencia era el organismo judicial y administrativo que velaba por la correcta aplicación de la política real en las colonias a través de los Virreyes, Capitanes, Generales y demás autoridades e instituciones del apartado administrativo colonial.  Las audiencias estaban organizadas en forma colegiada compuesta por cuatro Oidores y un procurador, todos ellos letrados y en conjunto adoptar, por mayoría simple decisiones de orden administrativo y judicial para una circunscripción determinada.

En Honduras se crea la Audiencia de los Confines, que fue un distrito audiencial con sede en la ciudad de Gracias a Dios de la provincia de Honduras.   Fue creada el 20 de noviembre de 1542 y se denominó así porque debía residir en los confines de Nicaragua, Honduras y Guatemala.  El objeto de su creación fue la aplicación de las leyes nuevas en el Distrito comprendido por las provincias de Guatemala, Honduras, Nicaragua, Chiapas, Yucatán, Tabasco, Cozumel, Soconusco, Veragua y Darién.

Otra instancia fue la Gobernación, ésta en el primer momento de la conquista fue un territorio determinado por capitulaciones, reales cédulas y la fuerza expansiva de los conquistadores.  La gobernación era administrada por un Gobernador nombrado por la Corona, quien ejercía jurisdicción sobre un territorio determinado.

A inicios del siglo XVI carecía de una unidad cultural y política, en su territorio existían un mosaico de pueblos con diferencias culturales, cada uno con territorialidad diferenciada.

Las Honduras de la época que va de 1502-1530 se limitaba a una pequeña parte de territorio comprendida entre la desembocadura del Golfo Dulce en Guatemala y el Puerto de Trujillo en Honduras.

Políticamente constituía una unidad cuyo jefe supremo era el Gobernador de Comayagua, pero las dos Alcaldías Mayores que componían su distrito gozaban de gran autonomía administrativa. La Alcaldía Mayor de San Andrés de Zaragoza, suprimida en 1703 y la de Tegucigalpa creada en 1579.                         

Honduras administrativamente estuvo dividida en Partidos cuya distribución vario según la importancia que adquirían las distintas poblaciones.

En el año de 1816 su número ascendía a ocho partidos: Sensenti, Tencoa, Gracias a Dios, San Pedro Sula, Yoro, Olancho, Olanchito y Tegucigalpa. Al frente de los partidos se encontraba un teniente de partido.

En lo militar, la provincia de Honduras, después de 1779 llegó a tener una excelente organización. El Gobernador era el jefe de Armas y de él dependían las tropas de la provincia consistentes en milicias voluntarias, salvo guarnición de Omoa y Trujillo. Había un batallón de caballería en Tegucigalpa, otro en Comayagua y 4 compañías de milicias en Yoro. En Trujillo estaba un destacamento del regimiento veterano fijo del Reino y otro en Omoa.

Otras instancias administrativas lo constituían El Corregimiento, esta Institución colonial fue creada para la administración de la población indígena, estas funciones eran ejercidas por personas nombradas por la Corona o los Virreyes, por un término limitado en el ejercicio del puesto. En Honduras funcionaron dos corregimientos: el de Ocotepeque (Siglo XVI) y el de Tencoa (Siglo XVIII).

El Municipio

Institución de origen español, es la principal fuente de poder local y de vida comunitaria. Democrático en sus orígenes, pues sus autoridades- alcalde y regidores- eran electos por los pobladores pasó a ser manifestación del poder central. Sin embargo, a lo largo de la colonia y primeros siglos de independencia concentró a las fuerzas vivas de cada localidad y presidió los eventos anuales de la vida popular e institucional.

Actualmente hay en Honduras 298 municipios con autoridades electas por sus habitantes, siguiendo un proceso moderno de descentralización administrativa, autonomía financiera y de afirmación política del poder local.

El Cabildo

Luego estará El Cabildo Municipal, era una especie de Ayuntamiento nombrado para gobernar localmente a la comunidad de un lugar, villa o ciudad sobre la base de un ordenamiento legal.  El cabildo municipal lo conformaban 1 ó 2 alcaldes, regidores, alguaciles, fieles ejecutores, procurador síndico, secretario y alférez real.