En el caso de Honduras que la gobernación estaba formada por 7 partidos, uno de los cuales era la Alcaldía Mayor de Tegucigalpa, anexándola a la Intendencia de Comayagua, sin mucho éxito, lo que se ve reflejado en la reconquista de su autonomía en 1812, y la otra medida tomada en el marco de las reformas es la anexión del Corregimiento de Tencoa, a quien el Intendente Ramón Anguiano le presta tanta atención fundando una nueva villa: la de Santa Bárbara, que el mismo Intendente pretendía fuera la futura capital de Honduras por su más fácil comunicación con los puertos del Atlántico, su cercanía a los grandes cultivos de tabaco en los llanos de Santa Rosa y su cercanía a la capital de Reino de Guatemala.
Desde un principio de la creación de las intendencias, Comayagua prestó más atención a su sistema militar, su propósito fue defender la costa Norte de la penetración Inglesa, este propósito se ve reflejado en el apoyo económico y logístico para la consolidación en la construcción de la Fortaleza de San Fernando en Omoa.
