Durante todo el período colonial España tuvo que hacer frente a constantes amenazas de ataques extranjeros contra sus colonias situadas a orillas del Caribe.
La Fortaleza de Santa Bárbara en Trujillo
En muchos puntos estratégicos también se construyeron fuertes menores, como el de Trujillo, a la vez, se introdujeron por primera vez fuerzas armadas regulares que se distribuyeron en los fuertes, presidios y castillos, y desde principios del siglo XVII empezaron a organizarse las primeras fuerzas milicianas de vecinos capitaneadas por miembros de las élites locales y compuestas por compañías de blancos, negros, mulatos o mestizos, según la zona.
A medida que avanzaba el siglo XVIII, la región centroamericana se enfrentó a dos nuevos peligros. Por una parte, la amenaza creciente de los Mosquitos y los Cunas, que tenían bajo control permanente extensos territorios y asaltaban las colonias con armas de fuego suplidas por los ingleses. Los Cunas ocupaban gran parte del Este de Panamá, manteniendo un permanente estado de guerra con la administración colonial, y desde fines del XVII habían establecido alianzas con los ingleses.
Los zambos Mosquitos representaban un peligro tal vez mayor. Desde principios del siglo XVIII, durante la Guerra de Sucesión (1701-1713), instigados por los ingleses, empezaron a atacar embarcaciones por la costa y poblados españoles en Honduras, desde San Pedro Sula y Trujillo en 1702, Comayagua en 1710, Catacamas en 1730 y Danlí en 1738. Empezaron también a atacar el interior de Nicaragua, y en Costa Rica asaltaron varias veces Suerre y Matina desde la década de 1720 hasta 1756, penetrando por el Río Sixaola en numerosas ocasiones. Su audacia los llevó en 1728 y 1731 hasta el lado Pacífico al Oeste de Panamá, y no cesaron sus asaltos al interior de Panamá hasta 1805, cuando se alían a indígenas locales. Algunos ingleses a veces les acompañaban en sus correrías. Los Mosquitos saqueaban pueblos, robaban iglesias y atrapaban indios y negros que venderían como esclavos a los ingleses.
La Fortaleza de San Fernando de Omoa
Diez Navarro, que había ejercido como ingeniero en Panamá, delineó los proyectos para los fuertes del Río San Juan, en Nicaragua, y en Honduras pensó primero construir una fortaleza en Trujillo. Pero lo descartó debido a la distancia que lo separaba de los principales pueblos del interior, y a su demasiada cercanía a los asentamientos ingleses en Black River y las Islas de la Bahía. Por considerarlo mejor situado para proteger el acceso al interior de Honduras, escogió Omoa, para el cual elaboró los planos entre 1743 y 1745, aunque no fue hasta 1752 cuando empezó a construirse el fuerte de San Fernando. Los planos originales los modificó el ingeniero Francisco Álvarez, quien cambiará parcialmente lo propuesto por su predecesor, tras haber sido este destituido y trasladado a Guatemala. Las obras no concluyeron hasta 1775, pero en muchos aspectos fue una fortaleza inconclusa.
