La corona española fue sin duda la metrópolis colonial que afrontó de una manera más clara –con iniciativas judiciales y legislativas, con reflexiones morales e incluso teológicas –el estatus del pueblo sometido y la justificación legal de la conquista. Prueba de ellos fueron las reyes de burgos de 1520, las nuevas de 1542 y todo el esfuerzo que culmino en la recopilación de las leyes de india, que en gran medida fue el resultado de las luchas de religiones como fray Antonio de Montesino, Bartolomé de las casas y Francisco de Vitoria, que dejaron claramente sentada la doctrina de la naturaleza racional y, por tanto, el carácter de personas del indígenas, con los mismo derechos y obligaciones que cualquier otro vasallo libre de la monarquía. Sin embargo, en la realidad de los hechos prevaleció el derecho de conquista.
Por ello, junto con los estamentos tradicionales de la sociedad del antiguo régimen, en indias se formó un cuarto estado, los indígenas, considerado menor de edad, para el que se le proporciona como remedio una institución como la encomienda, de raíz medieval, qué supuestamente le proporciona protección y le facilita su integración en la nueva sociedad cristiana.

