El registro de la historia antigua de Honduras y las regiones vecinas hacia el sur y oriente tiene todavía grandes vacíos temporales que están relacionados con el enfoque de la investigación en las sociedades complejas o estatales y sus logros. De tal manera que amplias zonas del territorio continúan en la penumbra. Los estudios sobre el paisaje antiguo también son magros y aunque la lingüística histórica ha permitido esbozar a grandes rasgos un panorama factible del asentamiento y movimiento de las poblaciones en el pasado remoto, aún se requiere confirmación detallada. La investigación genética de los descendientes modernos de esas poblaciones es una tarea pendiente que impide comparaciones con otras poblaciones ya estudiadas en el istmo centroamericano. El cuidado de los archivos locales ha sido deficiente o hasta negligente y un buen número de fuentes escritas han sido destruidas sin que se conociera de ellas. Por tanto, la reconstrucción de la situación en la época el contacto con los europeos se apoya primordialmente en los testimonios de cronistas, conquistadores, colonizadores de las primeras jornadas, misioneros, viajeros y aventureros de la época. La historiografía tradicional se ha enfocado en resaltar el papel protagónico de individuos representantes de la autoridad establecida, dejando de lado la microhistoria y la mito-historia. El análisis de los manuscritos ya conocidos desde la perspectiva de los conquistados, así como los hallazgos en el Archivo de Indias y el Archivo General de Centroamérica de escritos desconocidos hasta hace recientemente ha dado paso a una más precisa perspectiva de la vida indígena y de la inserción de los inmigrantes africanos en la nueva trama social. No obstante, el período inicial de la república ‒Siglo XIX‒ todavía no ha sido adecuadamente auscultado en cuanto al devenir de los pueblos originarios y la incorporación de nuevos inmigrantes al escenario de la nación incipiente. Si bien el siglo XX ofrece mejores posibilidades, su discusión se basa más bien en documentos grises y se han hecho pocos esfuerzos sistemáticos por comprender el movimiento étnico en el contexto político nacional e internacional. Por último, la incorporación mecánica del nuevo paradigma de los derechos humanos en la vida nacional apenas está induciendo una discusión sobre los derechos económicos sociales y culturales, el reconocimiento de la diversidad como riqueza y la necesidad del respeto al otro diferente para una convivencia pacífica. Por último, es relevante mencionar que persiste la tendencia de que Honduras sea objeto de estudios por parte de no nacionales, puesto que el financiamiento para la investigación es precario o nulo en el país, y que los resultados se publiquen en lenguas extranjeras. Lo anterior necesariamente dificulta la renovación del conocimiento e impide que éste fluya a todos los niveles de la educación.
