El poder judicial en Honduras ha experimentado un cambio radical. En 1994 fue creado el Ministerio Público o Fiscalía General permitiéndole al Estado actuar de oficio en la persecución de delitos sin la necesaria intervención de los interesados. Se abandonó el juicio escrito por el juicio oral y público, haciéndose hincapié en la presunción de inocencia, el debido proceso y las medidas sustitutivas a la prisión cuando se amerite. Junto a la Fiscalía General surgieron fiscalías especializadas en derechos humanos, la mujer, la niñez, contra la corrupción y contra el crimen organizado, entre otras.
Abundante legislación antes inexistente se ha ido aprobando para reforzar al Ministerio Público, siendo una de las últimas la Ley de Colaboración Eficaz. Pero para empezar ha debido lucharse contra los vicios internos: la ausencia de preparación y formación científica y de medios para investigar y la propia corrupción de muchos elementos de las instituciones policiales y de judicatura
Honduras, de un país pacífico, debido a la corrupción y la pobreza fue tornándose en uno de los países calificados entre los más violentos del mundo con una tasa de más de 85 muertes por cada 100 habitantes que con mucho esfuerzo y con la depuración y tecnificación de las instituciones se ha reducido a 60 muertes por cada 100 habitantes. Pero la tarea pendiente es difícil, porque, aunque se han extraditado a Estados Unidos numerosos cabecillas del tráfico ilícito y se han creado cárceles de máxima seguridad, la violencia generada por el dominio de territorio entre las bandas delictivas y la capacidad de éstas para mantener o renovar su potencial de ataque pone en precario los esfuerzos del gobierno y de la población.