Aunque el ascenso a la Presidencia del Doctor Roberto Suazo Córdoba se logró mediante una proceso electoral democrático, varios historiadores plantean la necesidad de reflexionar si lo fue también el ejercicio de su gobierno, dadas las participaciones beligerantes que tuvo la cúpula militar en el mismo. Sin embargo, la práctica democrática que se inició a partir de su elección fue el comienzo de una profunda transformación política en Honduras. Desde entonces se inició un proceso de transición política y de construcción democrática que no ha cesado de perfeccionarse. Gracias a la participación ciudadana, en los procesos electorales que se han venido celebrando en el último cuarto de siglo, la cultura política en materia electoral se ha ido consolidando, fortaleciéndose el ejercicio democrático y el Estado de derecho.
En 1986, luego de un proceso electoral único en la historia del país en el que se contó con una participación ciudadana masiva, asciende al solio presidencial el ingeniero José Simón Azcona del Hoyo, Q.D.D.G., candidato del Partido Liberal. El país acudió a las urnas y en una demostración de alto civismo, los Partidos Políticos alcanzaron un acuerdo conciliador que se conoció como la “Alternativa B”, misma que permitió la participación de varios candidatos de un mismo partido en el mismo acto electoral y al final de la votación se sumarían los votos, aquel partido que sacara mas votos sería el vencedor y en consecuencia el candidato que alcanzara mayoría sería el presidente de la República.
En estas elecciones el candidato del Partido Nacional, Rafael Leonardo Callejas, obtuvo individualmente la mayoría de votos a su favor, pero ante el Acuerdo, el Tribunal Nacional de Elecciones declaró presidente a José Simón Azcona del Hoyo, Q.D.D.G. Era la primera vez que en medio siglo un presidente saliente entregaba el poder pacíficamente a otro ciudadano electo democráticamente. Las Fuerzas Armadas fueron garantes de la transparencia y tranquilidad del proceso electoral actuando dentro del marco de la legalidad y dando muestras de la existencia de una nueva generación de dirigentes en sus filas.
En 1989 vuelven a celebrarse elecciones generales y en 1990 asciende al poder por el candidato por el Partido Nacional Rafael Leonardo Callejas, iniciándose de esta manera por primera vez desde 1932 la alternancia sucesiva de los dos principales Partidos Políticos mediante elecciones populares. Callejas prometió en su campaña eliminar el servicio militar obligatorio sustituyéndolo por el servicio militar voluntario educativo, y su administración abrió una nueva etapa en las relaciones entre los civiles y el poder militar.
En 1994 es elegido presidente de la República Carlos Roberto Reina Idiáquez, Q.D.D.G., candidato del Partido Liberal (1994-1998); en 1997 resulta electo Carlos Roberto Flores Facussé, candidato del Partido Liberal (1998-2002), y en el año 2002, los votos llevan a la Presidencia de la República a Ricardo Maduro Joest, candidato del Partido Nacional (2002-2006).
RECUPERANDO LA CONFIANZA EN LA DEMOCRACIA Y LAS INSTITUCIONES
Durante todos estos años, desde 1986 en adelante, se ha ido fortaleciendo la cultura política de la ciudadanía hondureña, rescatándose la credibilidad y la confianza en la democracia y las instituciones, e iniciándose la participación en la vida nacional de unas fuerzas armadas en proceso de modernización interna continua. Fue evidente desde entonces el nuevo papel de las Fuerzas Armadas en la vida política de la nación, si bien que todavía en la década de 1990, algunos mandos continuaron resistiéndose a abandonar sus malas prácticas de antaño, y siguieron cometiendo abusos graves. Pero esta situación ya pertenece a un pasado que los hondureños no queremos repetir.
El proceso de desmilitarización del poder se inició con el gobierno de Rafael Leonardo Callejas, pero se hizo más evidente durante el gobierno de Carlos Roberto Reina, y la modernización democrática e institucional de la nación ha continuado fortaleciéndose durante los gobiernos de los Presidentes Carlos Flores y Ricardo Maduro. En 1995 el Congreso Nacional de la República, ratificó la aprobación del servicio militar voluntario y se suprimió la figura del Comandante en Jefe establecida por la Constitución de 1957, quedando las Fuerzas Armadas subordinadas al Presidente de la República. Se ha establecido un mayor control del presupuesto militar, que durante muchos años era manejado de manera independiente y fuera del ámbito de los entes contralores del Estado. En 1999 por primera vez un civil asume la dirección de las Fuerzas Armadas al frente del Ministerio de Defensa.
Durante la administración del Presidente Ricardo Maduro, las Fuerzas Armadas han continuado su proceso de modernización, enmarcándose en el respecto a las leyes y a los derechos humanos, bajo la doctrina de subordinación al poder civil. Constituyen un instrumento fundamental en el proceso de institucionalidad democrática, en la defensa de nuestra soberanía, en la prevención y combate de la delincuencia, el narcotráfico y el terrorismo, en la atención de la ciudadanía ante catástrofes naturales, en el apoyo a la policía para salvaguardar el orden público, en la preservación del medio ambiente y en la integración y seguridad regional, lo que hace mediante la transparencia institucional, el desarrollo de los recursos humanos, y proyectándose en la comunidad. Nuestro instituto armado se ha convertido en uno de los pilares para el fortalecimiento de nuestra identidad nacional de lo cual debemos sentirnos muy orgullosos los hondureños.
Honduras ha recibido en los años recientes un creciente reconocimiento internacional, gracias a sus políticas económicas y de desarrollo, al incremento de la inversión extranjera y local, a su estabilidad política, a la creciente participación de la sociedad en la vida pública, a la lucha contra el terrorismo y la delincuencia, a la libertad de prensa, al fortalecimiento de sus instituciones, y por el respeto de sus gobiernos a los derechos humanos. Este reconocimiento lo evidencian las sumas multimillonarias condonadas por los gobiernos amigos y los organismos internacionales durante la administración del presidente Ricardo Maduro. Nuestra democracia se ha consolidado, y el proceso de modernización nacional avanza con innegable vitalidad.