No hay que olvidar que al igual que en resto del continente Americano, en la Provincia de Honduras, durante los siglos XVI, XVII y XVIII, religión y cultura iban íntimamente ligados. Es difícil hablar de la iglesia en general, porque la iglesia era muchas cosas al mismo tiempo: religiosidad popular, teoría político-religiosa, grupos representativos, fieles, clero en general, órdenes religiosas (clero regular), curas y párrocos (clero secular), jerarquiza (obispos, arzobispos, superiores de ordenes).
Durante la época colonial, la relación entre la administración civil y la eclesiástica va a incidir de manera determinante en las divisiones territoriales de las colonias españolas en América. Dentro de este marco jurisdiccional, la Ordenanza IV del Consejo de Indias en 1571 ordena que las jurisdicciones civiles y eclesiásticas deban coincidir.
Fray Bartolomé de las Casas
El Obispado en Honduras se crea en 1531, siendo su primera sede Trujillo y su jurisdicción y su jurisdicción es en toda la Gobernación de Higueras y Honduras. Su primer Obispo es Cristóbal de Pedraza, anteriormente había sido nombrado Fray Alonso de Guzmán pero no había aceptado. Pedraza llega a Puerto Caballos en 1539 con el nombramiento de Protector de los indios y Obispo de Honduras, al momento de asumir su cargo, las disputas entre el conquistador Pedro de Alvarado y Francisco de Montejo eran críticas son momentos en que los conquistadores enfrentan una de los más recios movimientos de resistencia, la de los lencas, en occidente y centro de la provincia. Pedraza, consciente de los abusos de sus feligreses españoles en contra de la población aborigen, sigue la postura de los “defensores de indios” como Fray Bartolomé de Las Casas, de apoyar la utilización de esclavos africanos para aliviar la situación de los indígenas.
A Cristóbal de Pedraza le sucede Fray Jerónimo de Corrella quien decide trasladar la sede de Obispado para Comayagua en 1559, manteniéndose esta sede hasta 1921. Desde la fecha de traslado de Trujillo a Comayagua la administración eclesiástica tendrá influencia en las divisiones internas de la Provincia, pues las Parroquias y los Curatos coinciden con los Partidos y los pueblos de la administración civil.
Cristóbal de Pedraza
La justificación del traslado de su sede era que Trujillo no era un lugar seguro, su clima era enfermizo. Pero según la pauta usual, fue la existencia de pueblos indios capaces de sustentar a los pobladores de las villas, a sus autoridades y de allegar tributos, y sobre todo la posibilidad de explotaciones mineras. Cerca de Comayagua, en Opoteca, hoy El Rosario, la riqueza minera de la gobernación de Honduras comenzaba a florecer.
