Los dominios llegaron en 1537. La orden de los franciscanos llegó a Honduras entre 1574 y 1582, fue el clero hispano sobre el que recayó principalmente la obra educativa y evangelizadora del autóctono. En Honduras se constituyó la custodia de Santa Catarina Mártir, dependiente de la provincia franciscana del Santísimo Nombre de Jesús, con centro en Guatemala. En 1574 fray Bernardino Pérez fundó los primeros conventos franciscanos de Honduras: San Antonio en Comayagua y San Jerónimo en Agalteca. En 1582 fray Juan Bautista Ponce fundó el convento de San Andrés en Nacaome, en 1586 el de San Francisco de Trujillo, en 1589 el de San Diego en Tegucigalpa y en 1593 el de Nuestra Señora de las Nieves en Amapala.
“En aquella costa salió a tierra el Adelantado, la mañana del domingo 14 de Agosto del año 1502, con las banderas y los capitanes, y otros muchos de la armada, a oír misa; y el miércoles siguiente, yendo las barcas a tierra para tomar posesión de aquel país en nombre de los Reyes Católicos, nuestros señores, concurrieron a la playa más de cien indios cargados de bastimentos, esperando a los nuestros; tan luego como éstos llegaron, presentaron al Adelantado cuanto llevaban, y luego se apartaron sin decir palabra”.
Hernando Colón. Historia del Almirante.
