En 1542 fueron aprobadas las Leyes Nuevas por medio de las cuales España organizaba los dominios conquistados. Estas Leyes establecieron la prohibición de la esclavitud para los indígenas. Fueron fruto de una ardiente lucha emprendida por el llamado Protector de los Indios, el fraile dominico Bartolomé de Las Casas y sus compañeros de Orden. Una de las medidas fue la creación de la Audiencia de los Confines, con sede en Gracias, encargada de aplicar la defensa de los naturales. Frente a ella acudieron Las Casas y los demás obispos de la Audiencia y sin embargo las autoridades españolas y los que tenían indígenas sujetos bajo el sistema de encomiendas expulsaron a  Las Casas de la sala de sesiones. Este episodio tuvo lugar en 1545, pero el dominico no desmayó y logró el establecimiento de los pueblos de indios.

Cada pueblo de indios reunía indígenas de la misma etnia que habían vivido en esa localidad, a estos se les respetaba su lengua y costumbres y lo más importante se les concedía tierras comunitarias, si bien en materia religiosa debían adoptar el cristianismo. Se originaron para impedir la explotación de los indígenas por parte de los conquistadores. Su éxito se mide con el hecho de que en el territorio audiencial, sobre todo Guatemala, El Salvador y occidente de Honduras, estos pueblos permitieron la sobrevivencia de grandes cantidades de poblaciones indígenas que conservaron en gran medida su identidad; sin embargo, con el tiempo fueron también vehículo de explotación: los indígenas, para empezar, no podían abandonar su pueblo o de lo contrario eran perseguidos y encarcelados, los criollos terratenientes, la Iglesia y las autoridades incumplían con las medidas de trato laboral justo y hubo una constante presión, irrupciones y litigios en contra de las tierras comunales asignadas.

Pero los pueblos de indios, por otro lado, contaron con el apoyo de los mismos indígenas que vieron en ellos una tabla de salvación, después de lo desmanes de la conquista y fueron un signo de su resistencia de modo que quienes menos se plegaron a la espada del conquistador lograron un mejor destino. Fue, podría decirse, el armisticio con que se selló la violencia de la ocupación. Gran parte de la explicación de porque hubo una pax hispánica durante prácticamente tres siglos se debe a la existencia de estos pueblos y la tenencia de tierras propias para el sustento de sus pobladores.