Nació en Tegucigalpa el 3 de octubre de 1892. Es considerado el héroe epónimo de Centro América. Pertenecía a una familia de criadores de caballos y de negocios mineros que había emigrado de Italia. Su ascendencia italiana no deja de manifestarse en su físico: hombre alto y esbelto, de cutis casi sonrosado, pelo negro, nariz aquilina, mentón fuerte y buen jinete tenía sobre todo un carisma personal indiscutible que le concedía el liderazgo entre compañeros y partidarios políticos, entre oficiales y soldados. Sin haber seguido carrera universitaria, supo comprender y adoptar las ideas progresistas liberales y exponerlas por escrito con claridad y honradez como se comprueba en su Manifiesto de David.
El Presidente Federal Arce hizo alianza con los conservadores de Guatemala, representantes de las ricas familias afines al statu quo. Contrarios al federalismo, quisieron imponer un gobierno autoritario desde la capital e invadieron los Estados de El Salvador y Honduras. Para contrarrestarlos se organizó El Ejército Aliado Protector de la Ley con liberales guatemaltecos salvadoreños, nicaragüenses y hondureños bajo el mando de Morazán, quien entró triunfante a ciudad Guatemala el 2 de mayo de 1829. Prueba del carisma del ahora General Morazán, sin ser militar de escuela, pero conduciendo ya a los centroamericanos federalistas a la victoria.
Durante dos mandatos, de 1830 a 1838, electo según las normas constitucionales, fue Morazán el Presidente de Centro América. En su primer mandato, junto a un equipo liberal de valiosos colaboradores, sentó las bases para un sistema democrático, con los prescritos tres poderes de igual jerarquía, con un Estado laico que sustituyera la influencia clerical en educación y acción social y que aboliera el caduco sistema monopólico español y promoviera una economía con libertad de empresa y libertad de comercio, respetando siempre los derechos fundamentales de los ciudadanos tales como la libertad de expresión y de locomoción. Pero en su segundo mandato no pudo seguir construyendo su proyecto y tuvo que echar mano a su innata pericia militar y no a su categoría de estadista: conspiraciones y sublevaciones fueron orquestadas por los conservadores, la alta cúpula de la Iglesia, y la diplomacia inglesa que a toda costa quería conservar sus posesiones en Belice, Isla de la Bahía y la Mosquitia.
Sobresalió entre sus enemigos el movimiento armado y separatista hondureño comandado por Francisco Ferrera. Las provincias resentían todavía la prepotencia de la capital guatemalteca que se remontaba a la colonia. El 5 de noviembre de 1838, el Congreso del Estado de Honduras proclamó su independencia de la Federación y de cualquier potencia, considerando a la nación hondureña como una nación soberana. La unión de Centro América bajo el sistema federal quedó debilitada. El Ejército morazanista, además, conducido por el general Trinidad Cabañas fue derrotado por Ferrera en el Llano del Potrero y Morazán para aplacar la insurrección en Guatemala que dirigía un líder popular semi-alfabeto llamado Rafael Carrera tomó de nuevo la capital, pero fue asediado por fuerzas superiores, obligado a levantar la plaza y luego partir hacia el exilio.
El capítulo final de Francisco Morazán fue el de un héroe romántico. Llamado a Costa Rica a ejercer la jefatura de ese Estado y prescindir del autoritario Braulio Carrillo sus enemigos y la misma población costarricense temieron que usara este territorio para reconquistar Centro América. Una sublevación lo depuso de su cargo y ordenó su fusilamiento sin juicio previo. Esto sucedió el 15 de septiembre de 1842, 21 años justos después que la independencia de Centro América había sido proclamada.