El sistema educativo hondureño comprende educación pre-escolar, básica, media y superior. Los tres primeros niveles son dirigidos por la Secretaría de Educación, el nivel superior le corresponde con exclusividad a la Universidad Nacional Autónoma de Honduras.
Nacida en 1847, como institución independiente bajo la conducción del Presbítero José Trinidad Reyes, el Gobierno de la Reforma Liberal la incorporó al Estado como dependencia del Ministerio de Educación. La Constitución de 1957 le concedió la autonomía para gobernarse internamente, eligiendo sus propias autoridades y personal administrativo y docente, disponiendo de su presupuesto equivalente al 6% del presupuesto estatal y estableciendo sus propios programas de desarrollo académico. Además, se le otorgó la exclusividad para dirigir y desarrollar la educación superior.
Cuando se le otorgó la autonomía en 1957, la UNAH contaba con una matrícula de apenas unos tres mil estudiantes; actualmente cuenta con más de ochenta mil. Hoy ofrece 73 carreras de grado y 68 de posgrado y su presencia en el país la realiza por medio de ocho centros regionales y programas de educación a distancia. La dirección del nivel está a cargo del Consejo de Educación Superior, órgano de la UNAH en el que participan los otros centros de estudios superiores, que al momento suman veinte.
En 2004, como parte de un proyecto de transformación y actualización el Congreso Nacional aprobó una nueva Ley Orgánica, sustituyendo a la de 1957. En la misma se concede representación al sector docente en el Consejo Universitario, se sustituyen por una sistema de concurso las elecciones abiertas de autoridades que antes se practicaban y eran objeto de conflictos y se hace énfasis en los estudios de post-grado y procesos de investigación y en la modernización de laboratorios y el conjunto de la infraestructura.
En cuanto a los otros niveles, se ha logrado recuperar los, al menos, doscientos días de clase que se veían interrumpidos por frecuentes huelgas, y se ha aprobado como modelo una Ley General de Educación en la que se destaca la formación a nivel superior de todos los trabajadores del magisterio.