Al desintegrarse la Federación, se inició un período de gran agitación en Centroamérica, tanto por las diferencias irreconciliables entre conservadores y liberales, como por las intrigas y manipulaciones de Gran Bretaña y Estados Unidos para posicionarse territorialmente con miras a la construcción de un canal interoceánico.
Durante esos largos años, hasta 1876, hubo numerosas batallas, y los países centroamericanos se combatieron entre sí, invadiéndose recíprocamente. En Honduras se produjeron varios intentos fallidos o exitosos por derrocar el gobierno. Los liberales y los conservadores se alternaron en el poder y la debilidad centroamericana fue aprovechada por Gran Bretaña y Estados Unidos. De esa manera, gran parte de Honduras y Nicaragua quedaron comprometidos al quedar expuestos a los apetitos colonialistas de ambas Potencias. Los conservadores se aliaron a la primera y los liberales al segundo, y cada Potencia a su turno estimuló al partido de sus simpatías para imponer sus intereses, determinando en gran medida la política exterior centroamericana durante este período.
En el plano doméstico, durante los primeros años del período, los elementos conservadores se dedicaron a borrar con saña todo vestigio del programa reformista en los antiguos Estados Federados, ahora convertidos en pequeñas y débiles repúblicas. Se estimuló la intolerancia civil y religiosa, los morazanistas fueron brutalmente perseguidos, la Iglesia recuperó su hegemonía, y se puso en vigencia una legislación retrógrada.
Pese a las rivalidades regionales y a la oposición de los conservadores, a lo largo de este período los gobiernos liberales hondureños, inspirados en los ideales morazanistas, continuaron defendiendo la Federación, y varias veces ésta volvió a restablecerse, aunque limitada a pocos Estados y por breves períodos. El sueño de la Unión nunca fue abandonado por los liberales.
FRANCISCO FERRERA (1841-1845)
El primer Jefe de Estado electo de Honduras luego de disuelta la Federación, fue el general Francisco Ferrera. En un tiempo había sido fiel morazanista, pero luego se convirtió en enemigo acérrimo de sus ideas reformistas y en seguidor incondicional de Rafael Carrera. Dos veces había sido derrotado en batalla por Morazán. Inició su gobierno el 1 de enero de 1841, y puso en práctica un programa de gobierno en extremo retrógrado incluso para los estándares de la época. Restableció el diezmo eclesiástico para fortalecer la influencia de la Iglesia, persiguió cruelmente a los restos del ejército morazanista, volvió a poner en vigencia la Recopilación de Leyes de Indias y el Código de las Siete Partidas de Alfonso X el Sabio, reinstaurando de esa manera las normas jurídicas del período colonial español y leyes elaboradas en el siglo XIII.
La política exterior de Ferrera fue abiertamente entreguista: permitió que el gobierno guatemalteco de Carrera representara a Honduras en el extranjero, y reconoció al Rey Mosco que había impuesto Gran Bretaña en tierras hondureñas para apoderarse del territorio por donde parecía viable un canal interoceánico.
Las numerosas cargas fiscales que se habían impuesto para sostener el ejército, provocaron el malestar popular, y en marzo de 1844 se produjeron diversos disturbios, sobre todo en Texiguat y Comayagüela. El general José Santos Guardiola, enviado por Ferrera, ocupó Texiguat y masacró a los rebeldes, aunque estos continuaron su lucha en Liure y El Corpus.
JUAN LINDO (1847-1852)
A Coronado Chávez le sucedió el liberal Juan Lindo, hombre cultivado y astuto político, bajo cuya administración, por decreto del 13 de septiembre de 1847, se fundó la Universidad de Honduras, una iniciativa que había sido del presbítero José Trinidad Reyes. Lindo fue un firme defensor del ideal unionista. Durante su administración fue convocada una Constituyente, promulgándose la Constitución del 4 de febrero de 1848.
Inclinado a los Estados Unidos, Lindo desconoció ese mismo año la pretensión británica de los derechos del rey Mosco sobre territorio hondureño, y para neutralizar a Gran Bretaña, puso a la isla del Tigre bajo la protección norteamericana. Pero en 1850 el general José Santos Guardiola, simpatizante de los británicos, se alzó en armas contra Lindo. Lindo recibió apoyo de El Salvador, y le venció, firmándose el Convenio de Pespire, mediante el cual Guardiola aceptaba exiliarse.
JOSÉ TRINIDAD CABAÑAS (1852-1855)
A Lindo le sucede otro liberal, José Trinidad Cabañas, quien toma posesión en 1852. Fiel morazanista, y considerado una de las personalidades más honestas de la historia hondureña, Cabañas continuó propugnando los ideales unionistas de Lindo. Durante su administración tuvo que enfrentar varias veces en combate a las fuerzas guatemaltecas enviadas por Rafael Carrera instigado por Gran Bretaña, que desaprobaba a Cabañas al saberle inclinado a Estados Unidos. Las tropas carreristas invadieron Honduras pero fueron derrotadas en 1852. Luego ocuparon Omoa en 1853 pero se retiraron al poco tiempo. Ante estas presiones, y con objeto de buscar apoyo en Estados Unidos, Cabañas le entregó al cónsul Ephraim George Squier una concesión para que construyera un ferrocarril por Honduras. Además de que la concesión era muy desventajosa para Honduras, el proyecto del ferrocarril no se concretó.
JOSÉ SANTOS GUARDIOLA (1856-1862)
Luego de dos gobiernos interinos, llega a la presidencia el general José Santos Guardiola, nacido en Tegucigalpa en 1816. Fue adversario de Morazán y seguidor de Rafael Carrera. Durante su mandato, Honduras y Gran Bretaña —aliada suya e interesada como estaba en la concesión del ferrocarril—, firmaron el Tratado Wyke-Cruz, que devolvía a nuestro país las islas de la Bahía y la Mosquitia. Gracias a su amistad con Gran Bretaña, ésta le apoyó para formar un ejército con objeto de combatir a William Walker en su segundo intento por ingresar a Centro América. Perseguido y capturado en la boca del Río Tinto, Walker fue fusilado en Trujillo.
Satisfaciendo una petición británica, Guardiola se comprometía, mediante el Tratado Wyke-Cruz, a establecer la libertad de culto, permitiéndole practicar su religión a los protestantes que habitaban las islas, lo que, agregado a ciertas medidas contra el clero católico provocó la ira de éstos, que instigados por el vicario Miguel del Cid, levantaron la bandera de la rebelión, y Guardiola fue excomulgado en 1860. En respuesta, expulsó del país al vicario Miguel del Cid, lo que dio origen a varios alzamientos populares instigados por los curas y los religiosos, en lo que se conoce como la “Guerra de los Padres”. La rebelión fue controlada y la conducta de Guardiola sobre tolerancia de cultos fue finalmente aprobada por el Vaticano.
Guardiola murió el 11 de enero de 1862, siendo Jefe de Estado, asesinado por su propia custodia personal, en el único magnicidio de la historia de Honduras. Su sucesor, el Senador y General José María Medina hizo fusilar a los asesinos.
JOSÉ MARÍA MEDINA Y LA “AHORCANCINA DE OLANCHO”
Al morir José Santos Guardiola, se celebraron elecciones y fue electo Presidente el General José María Medina, un ultraconservador que había contado antes con el apoyo de Rafael Carrera, aunque cayó en desgracia con éste, quien instigó un alzamiento en su contra en Olancho. Cuando Carrera murió en 1865, los conspiradores quedaron sin apoyo. Medina reaccionó brutalmente. Ahorcó a 500, fusiló a 200 y 600 familias fueron desterradas de la zona. A este sangriento episodio se le conoce como la “Ahorcancina de Olancho”.
Los años siguientes fueron tan agitados y violentos como hasta entonces. Continuaron las asonadas, los derrocamientos de Presidentes, las invasiones y combates entre los países centroamericanos, y nuestros países continuaron desangrándose en una pendiente que parecía no tener fin. El propio José María Medina participó activamente en varios de estos pronunciamientos revolucionarios. Realizó una campaña a militar exitosa contra El Salvador, pero luego tropas salvadoreñas le derrocaron e hicieron prisionero. Puesto en libertad, se alzó en armas contra los mismos que le habían liberado, a los cuales derrocó en 1875. Años más tarde trató de provocar otro alzamiento. Fue un caso típico de gobernante de la época.