En la época prehispánica no existía la Honduras que conocemos hoy; es en las primeras décadas de la llegada de los exploradores, conquistadores y colonizadores españoles que surge, desde estos momentos se empieza hablar de Higueras, Cabo de Honduras, Gobernación de Honduras, Provincia de Honduras y al fin en la época republicana por decreto, Honduras a secas.
También encontramos toponimias en los informes conocidos como “Relación hechas por los gobernadores de Honduras durante el siglo XVI”, nombres de villas, ciudades, pueblos de indios, como: Santa María de Comayagua, San Juan de Puerto Caballos, Gracias a Dios, Jerez de la Frontera de Choluteca, San Miguel de Heredia de Tegucigalpa; ciudades, tal vez no como tal, se pueden mencionar a Trujillo, San Pedro, San Jorge del valle de Olancho; como pueblos de indios son la mayoría, algunos de ellos: San Manuel de Colohete, San Matías de La Campa, San Gaspar de Taulabé, San Miguel de Quezailica, San Antonio de Liure, San José de Nacaome; asentamientos mineros como: San José de Yuscarán, San Juan de Ojojona, Santa Lucía, entre otros.
Casos de especial interés son los topónimos que evocan las dos etapas históricas de Honduras: prehispánico y colonial, con el nombre de un santo, la prehispánica con su topónimo nativo, predominando en la pronunciación de la población este último: Comayagua, Olancho, Choluteca, Amapala, Marcala, Danlí, etc.
