La historiografía relacionada con la conquista de Honduras, la caracteriza por ser de carácter violento, esto como consecuencia de ese enfrentamiento entre los mismos españoles por sus ambiciones personales y ante la resistencia opuesta por los nativos ante el despojo y la explotación, tanto de sus recursos naturales como de su fuerza de trabajo a que se veían sometidos.
Este proceso de sometimiento se veía desde el menosprecio a su cultura y a la destrucción de su cosmovisión cultural, económica, política y religiosa. Cabe destacar la participación especialmente brutal de Gil Gonzales Dávila, Cristóbal de Olid, Pedro de Alvarado, Francisco de Montejo, Alonso de Cáceres, entre otros españoles. El sentido de apropiación a como se diera, sin importar las recomendaciones en la Reales Cedulas tenía un propósito, en el conquistador existía pues una idea que era la de organizar el territorio en función de una eventual estrecho natural que facilitaría el comercio transoceánico, idea que volvería a cobrar fuerza poco después y que se convertiría en una ilusión recurrente en la historia hondureña.
La Resistencia Indígena. Lempira.
Los indígenas del continente que lucharon contra la ocupación española hicieron valer su derecho (hoy, universalmente aceptado) de defender la auto determinación de los pueblos. Más que un problema de luchar por la soberanía de un país aún en formación y que más bien era el proyecto conquistador lucharon por algo más radical, por el derecho de cada pueblo a decidir y perfilar su pasado, su presente y su futuro. Hubo dirigentes indígenas que representaron la determinación de sus hermanos: Lempira, el cacique de los lencas, llevó señaladamente esa heroica lucha en Honduras. El historiador don Antonio de Herrera, en sus Décadas del Nuevo Mundo (1616) nos relata su gesta:
Era Lempira de unos 30 años, de fuerte complexión y probada valentía, tan osado que parecía imposible matarlo en batalla. A la usanza de los lencas, se fortificó con una considerable población indígena en un peñol (o cerro), posiblemente en Cerquín y con suficientes bastimentos para afrontar un prolongado sitio. Los españoles tuvieron que recurrir a un ardid para matarlo mientras parlamentaban sobre la paz. Existe otra versión según la cual murió en combate. Su resistencia quedó interiorizada en la memoria popular.
Otros luchadores fueron Cicumba, tolupán, en el Valle de Sula, Copán Galel en Ocotepeque, Benito en Olancho. La administración española había creado la Gobernación de Honduras en 1527 pero al principio sólo habían ocupado la costa del norte, para asentarse en el interior precisaban derrotar a los naturales y fundar ciudades. Es lo que hacen Pedro de Alvarado que funda San Pedro y Gracias (1536) y Francisco de Montejo con Alonso de Cáceres que fundan Comayagua (1537). La resistencia indígena fue generalizada, especialmente en el área central y occidental, el área lenca, bajo la inspiración y el ejemplo de Lempira.
El cronista Antonio de Herrera y Tordesillas lo describe como “de mediana estatura, espaldudo y de gruesos miembros, bravo y valiente; de buena razón [...] y murió de treinta y ocho a cuarenta años”. “Era tan animoso, que jamás mostró flaqueza ni quiso dar oídos a los medios de paz que los castellanos le ofrecían; antes les tenía en tan poco, que desde su fuerte les decía muchas injurias”. Organizó su alzamiento en Cerquín, y concentró sus fuerzas “en la sierra de las Neblinas”. Iba a la batalla con la cabeza cubierta por un “morrión que a su usanza tenía, muy galano y empenachado”, aunque en el momento de su muerte vestía ropa española de alguna de sus víctimas.
No dio tregua en la guerra, pero finalmente cayó, según el cronista Herrera, de un tiro de arcabuz en la frente que le propinó un soldado que iba en la grupa de un caballo, o en un combate en el que se enfrentó a Rodrigo Ruiz quien, según declaración suya, “cortéle la cabeza”. Al contemplar su muerte, escribe Herrera, “se levantó gran alboroto y confusión entre los indios, porque muchos, huyendo, se despeñaron por aquellas sierras y otros luego se rindieron”. La muerte de Lempira fue el final de la resistencia indígena: los indios se desbandaron y no tardaron en rendirse, iniciándose la “pacificación” de Honduras.
Simultaneo a la conquista militar y violenta, está el cataclismo demográfico, que hasta donde se sabe, nunca antes, en ninguna otra parte del mundo, había muerto tanta en periodo un tan corto, como consecuencia de un agente oculto y silencioso llamado viruela.
Ésta y otras enfermedades introducidas durante o después de la conquista resultaron devastadoras en una tierra donde eran desconocidas y cuya población no tenía defensas inmunológicas ni recursos específicos para combatirlas.
Hecha epidemia, la enfermedad se desató con tanta fuerza y se difundió con tal rapidez que obró activamente en contra de la resistencia indígena, miles de lencas, chorties, chorotegas, tolupanes, pech, entre miembros de otros grupos murieron. Entre otros aspectos, se puede asegurar que la enfermedad viajó a mayor velocidad que los invasores españoles y llegó a lugares donde éstos aún tardarían mucho en hacerse presentes personalmente, es decir en territorios de La Taguzgalpa, por mencionar un ejemplo.
