Durante el período de conquista la relación comercial entre España y el Nuevo Mundo, se estructuró a partir del establecimiento de la Casa de Contratación y la centralización del comercio indiano en Sevilla, practica económica conocida como monopolio

En la práctica, el que las colonias se desenvolvieran económicamente según las necesidades de la metrópoli, vale decir, como exportadoras de materias primas y metales preciosos. España, por otra parte, procuró abastecer a Honduras de los productos manufacturados, inhibiendo toda actividad industrial nativa que pudiese competir con la de la metrópoli.

Mediante el sistema de galeones y flotas, impuesto en el siglo XVI, la corona aseguró su monopolio, vigiló el tráfico trasatlántico y lo protegió de los cada vez más frecuentes ataques de sus principales rivales europeos, (Holanda, Inglaterra, Francia). Esto explica porque las fortalezas de Santa Bárbara en Trujillo y San Fernando en Omoa.

Sistema Tributario

El sistema tributario implementado por la corona española desde sus inicios fue bien definido. Por un lado, destaca su carácter centralista, ya que todas las directrices políticas sobre ingresos y gastos fueron establecidas y controladas desde los organismos peninsulares, ya fuera la Casa de la Contratación, el Consejo de Hacienda o el Consejo de Indias. En segundo lugar, su homogeneidad, gracias a la cual se aplicaron criterios semejantes en todo el territorio americano; en tercer lugar, su funcionamiento colegiado que implicaba la actuación conjunta de sus oficiales.

La maquinaria administrativa del ramo de Hacienda estuvo en manos de los oficiales reales y a ellos competía todo lo tocante a los intereses reales en materia fiscal. El tesorero se encargaba de revivir todos los ingresos y efectuar los pagos; el contador llevaba la notación de los movimientos de las cajas y la expedición de las correspondientes certificaciones; el factor controlaba la venta y distribución de las mercancías del rey, así como su vigilancia en los almacenes donde se depositaban; por último, el veedor se ocupaba de la fiscalización del pago de impuestos, principalmente el quinto real.

En Honduras, las medidas tomadas para la recaudación de la renta real consistieron en los siguientes impuestos:

Quinto Real. Porcentaje que la corona obtenía de la explotación de los metales equivalentes en un 20% de la producción.

Almojarifazgo. Derecho real para el comercio con América equivalente a un 5% sobre las mercancías que salían de España y un 10% sobre las mercancías cuando llegaban a América.

Alcabala. Era el impuesto fiscal que oscilaba entre 5% y 10% aplicado por venta y compra de mercancías, existía la alcabala fija aplicada a las transacciones locales y del viento, a transacciones realizadas por extranjeros en los puertos.

Tributo. Impuesto pagado por la población indígena y podía ser en moneda o especie.

Diezmo. Tributo que se pagaba a la corona por el valor de las mercaderías que entraban o pasaban por la jurisdicción del reino.

Estanco. Tributo pagado por el consumo de aguardiente, pólvora y tabaco.

El comercio de contrabando como consecuencia de la política restrictiva y de las debilidades del sistema de seguridad por parte de la corona española, promovió la cultura del contrabando en detrimento de los ingresos reales para la corona y por ende su debilitamiento como imperio. El comercio ilícito también era, toda aquella contravención de alguna cosa que estaba prohibida por bando, a voz de pregonero.  Así también era todo lo prohibido de introducir en los territorios coloniales por otras naciones o personas ajenas al Reino. Más constantemente contrabando era la mercadería introducida a las colonias al margen de la ley.